平成28年4月の改定で「薬剤服用歴管理指導料」は「調剤基本料１・４を算定している薬局」である場合、

１ 原則６月以内に処方せんを持参した患者に対して行った場合38点
２ １の患者以外の患者に対して行った場合50点
３ 特別養護老人ホーム入所者に対して行った場合38点

に変更になりました。

注１として
「１及び２については、患者に対して、次に掲げる指導等の全てを行った場合に、処方せん受付１回につき所定点数を算定する。ただし、手帳を持参していない患者又は区分番号00の１に掲げる調剤基本料１若しくは区分番号00の４に掲げる調剤基本料４以外の調剤基本料を算定する保険薬局に処方せんを持参した患者に対して、次に掲げる指導等の全てを行った場合は、50点を算定する。」

とあります。
難しい話ですが分かりやすく説明すると6ヶ月以内に調剤してもらった事のある調剤薬局に「お薬手帳」を持って行って調剤してもらうと「薬剤服用歴管理指導料」は38点ですが6ヶ月以上、調剤してもらった事のない調剤薬局もしくは6ヶ月以内に調剤してもらった事のある調剤薬局でも「お薬手帳」を持って行かずに調剤してもらうと「薬剤服用歴管理指導料」は50点と高くなります。
医療機関を受診した際に初診料よりも再診料の方が安くなるのと似たような概念だと思っていただければ分かりやすいと思います。
これまでは「お薬手帳」へ記載したかどうかで点数が変わっていて記載した患者さんには41点、記載しなかった患者さんには34点の請求でしたので6ヶ月以上、調剤してもらった事がなかったり「お薬手帳」を持って行かずに調剤してもらった場合は点数があがりますが6ヶ月以内に調剤してもらった事のある調剤薬局に「お薬手帳」を持って行って調剤してもらうと点数が下がるので個人負担も軽減されます。
複数の医療機関を受診された場合、医療機関の近くの調剤薬局で処方してもらうケースも多いと思いますが、その調剤薬局で6ヶ月以内に調剤してもらったことがなかった場合は「薬剤服用歴管理指導料」は50点になってしまいますが他に6ヶ月以内に調剤をしてもらったことがある調剤薬局があればそこで調剤してもらえば38点になりますので複数の調剤薬局を利用するのではなくて「かかりつけ薬局」を作るのと「お薬手帳」の普及が狙いだと想像します。
ここで不思議な現象が起きる可能性が考えられます。
これまでは「お薬手帳」は義務ではなく拒否できて、その際は「薬剤服用歴管理指導料」は算定できませんでしたが「薬剤服用歴管理指導料」欲しさに「お薬手帳」は必ず要ると嘘を付く調剤薬局もあったと思いますが今後は「お薬手帳」を持参しない方が高い点数になるので手のひらを返して「お薬手帳」の事を全く言ってこない調剤薬局が出てくる可能性が考えられます。
今後は「お薬手帳」を持参した方が安くなりますので必ず「お薬手帳」を持つようにしましょう。
いずれにせよ「薬剤服用歴管理指導料」は

イ 患者ごとに作成された薬剤服用歴に基づき、投薬に係る薬剤の名称、用法、用量、効能、効果、副作用及び相互作用に関する主な情報を文書又はこれに準ずるもの（以下この表において「薬剤情報提供文書」という。）により患者に提供し、薬剤の服用に関して基本的な説明を行うこと。
ロ 処方された薬剤について、直接患者又はその家族等から服薬状況等の情報を収集して薬剤服用歴に記録し、これに基づき薬剤の服用等に関して必要な指導を行うこと。
ハ 手帳を用いる場合は、調剤日、投薬に係る薬剤の名称、用法、用量その他服用に際して注意すべき事項を手帳に記載すること。
ニ 患者ごとに作成された薬剤服用歴や、患者又はその家族等からの情報により、これまでに投薬された薬剤のうち服薬していないものの有無の確認を行うこと。
ホ 薬剤情報提供文書により、投薬に係る薬剤に対する後発医薬品に関する情報（後発医薬品の有無及び価格に関する情報を含む。）を患者に提供すること。
２ ３については、保険薬剤師が老人福祉法第20条の５に規定する特別養護老人ホームを訪問し、服薬状況等を把握した上で、必要に応じて当該施設職員と協力し、次に掲げる指導等の全てを行った場合に、処方せん受付1回につき所定点数を算定する。
イ 患者ごとに作成された薬剤服用歴に基づき、薬剤情報提供文書により患者又は現に薬剤を管理している者（以下この区分番号において「患者等」という。）に提供し、薬剤の服用に関して基本的な説明を行うこと。
ロ 処方された薬剤について、患者等から服薬状況等の情報を収集して薬剤服用歴に記録し、これに基づき薬剤の服用等に関して必要な指導を行うこと。
ハ 手帳を用いる場合は、調剤日、投薬に係る薬剤の名称、用法、用量その他服用に際して注意すべき事項を手帳に記載すること。
ニ 患者ごとに作成された薬剤服用歴や、患者等からの情報により、これまでに投薬された薬剤のうち服薬していないものの有無の確認を行うこと。
ホ 必要に応じて薬剤情報提供文書により、投薬に係る薬剤に対する後発医薬品に関する情報（後発医薬品の有無及び価格に関する情報を含む。）を患者に提供すること。

この全てを行わないと算定できませんので必ず調剤薬局から渡される明細書を確認してこれらの指導がされていないのに「薬剤服用歴管理指導料」が算定されている場合は指摘されて構わないと思います。